3. Causalité et la question des virus

Une certaine compréhension de ce qu'implique la causalité est nécessaire pour évaluer la qualité d'un travail scientifique. La logique et le bon sens, selon la philosophie Nyaya,[1] nous dit que la simple invariance, antériorité ou concomitance n'entraîne pas la pertinence : le jour précède toujours la nuit, mais n'explique en rien le phénomène de la nuit ; ou par exemple, la couleur d'un projectile n'est pas pertinente pour son mouvement. Assurer l'inconditionnalité est donc essentiel pour éliminer les antécédents ou les co-effets invariables mais non pertinents.[2]

Ceci, comme l'ont compris les philosophes Nyaya et comme l'a reformulé quelque deux millénaires plus tard John Stuart Mill, exige la détermination de la concordance en présence et de la concordance en absence, à savoir si la présence, respectivement l'absence, de l'une des causes présumées et de son effet est nécessairement accompagnée de la présence, respectivement de l'absence, de l'autre.

Les postulats de Koch

Ainsi, pour attribuer une maladie à ce que l'on appelle les microbes, il faut constater qu'ils sont présents en abondance chez tous les individus souffrant de la maladie, et qu'ils sont absents chez tous ceux qui n'en souffrent pas. Ces deux critères constituent le premier postulat de Koch. L'abondance est essentielle puisque tous les humains ont la plupart des microbes en eux.

Mais ce n'est pas suffisant. Pour vérifier l'"accord en présence", il faut s'assurer qu'aucun autre phénomène n'est invariablement présent, et pour l'"accord en absence" que tous les autres facteurs restent présents.

Les trois autres postulats de Koch ne répondent pas tout à fait à ces exigences. Le deuxième postulat stipule que les agents pathogènes doivent être isolés de chaque cas de maladie et cultivés en culture pure, notamment "en transférant un petit échantillon dans un nouveau milieu de culture stérile de manière à disperser les cellules individuelles sur la surface", de sorte que les cellules individuelles soient séparées et que "lorsqu'elles se multiplient, chacune forme une colonie distincte, qui peut ensuite être utilisée pour inoculer davantage de milieu, avec l'assurance qu'un seul type d'organisme sera présent".[3] Cela permet de distinguer les différents micro-organismes présents et de déterminer ceux qui provoquent les symptômes cliniques souhaités lorsqu'ils sont inoculés à un organisme sain (Postulat 3). Pour s'en assurer, il faut les ré-isoler de ce nouvel hôte infecté, et vérifier qu'ils sont identiques à ceux de départ (postulat 4).

Que les micro-organismes jouent ou non un rôle, ces étapes ne tiennent pas compte du fait que d'autres facteurs peuvent être nécessaires à l'apparition et à l'évolution de la maladie. En outre, les postulats de Koch, s'ils étaient satisfaits, impliqueraient uniquement une contagion par inoculation, ce qui n'est pas le mécanisme naturel habituel de contagion, en particulier pour les maladies respiratoires. Pour vérifier la contagion entre humains, il est nécessaire de mettre des organismes sains en contact étroit avec des organismes malades. De multiples expériences ont été menées lors de l'épidémie de grippe espagnole en 1918, et dans aucun cas la contagiosité n'a été constatée.[4]

L'existence de virus pathogènes est-elle connue ?

Les postulats de Koch ont été élaborés dans le contexte des bactéries, dont l'existence était bien documentée depuis l'avènement du microscope. Dans le cas des virus,établir présence et causalité pose des problèmes d'un tout autre ordre.

Mais qu'est-ce qu'un virus ? En d'autres termes, comment savons-nous ce qu'il faut observer ? À quel "virus" standard pouvons-nous comparer notre observation pour affirmer qu'il s'agit d'un virus ? A-t-on jamais observé un virus ?

L'hypothèse selon laquelle de minuscules entités transmissibles d'organisme à organisme, non observables au microscope optique, sont à l'origine des maladies, a été émise par Pasteur car aucune cause bactérienne ne pouvait être associée à la rage. Par conséquent, un certain nombre de maladies ont commencé à être attribuées à ces entités lorsque l'inoculation de fluides desquels les bactéries et les grosses molécules avaient été filtrées induisait les symptômes souhaités.

En 1931, après le développement du microscope électronique, de minuscules entités ont été observées et considérées comme des tueurs de bactéries. Bien qu'il se soit avéré par la suite que ces bactériophages sont des transformations des bactéries elles-mêmes, permettant à celles-ci "de vivre et que les bactéries elles-mêmes émergent de telles structures", la croyance en des virus pathogènes, qui avait été renforcée par la conception erronée précédemment élaborée, est restée forte. Pourtant, à ce jour, aucun virus pathogène n'a jamais été observé, c'est-à-dire jamais "isolé", en d'autres termes, séparé du matériel cellulaire environnant du malade (voir Addendum).[5]

Comme il est expliqué dans la littérature, la méthode courante d'isolement consiste à filtrer les échantillons à analyser à l'aide de dispositifs spéciaux pour éliminer les entités plus grosses telles que les bactéries. Le filtrat ne contenant plus que des particules de l'ordre du nanomillimètre est ensuite centrifugé selon un procédé connu sous le nom de centrifugation à gradient de densité, qui sépare les particules en fonction de leur densité et de leur poids, les plus denses ou lourdes tombant en bas.

L'essentiel est qu'à aucun stade, il ne faut ajouter quoi que ce soit qui puisse adultérer le processus.

Pour distinguer plus nettement les virus des autres particules dans des bandes spécifiques de densité, il n'est cependant pas possible de suivre l'exigence de Koch d'une culture pure. En effet, on considère que les virus ne sont pas vivants et qu'ils ne se reproduisent qu'à l'intérieur des cellules. C'est pourquoi, en 1937, Rivers a modifié l'exigence de Koch d'une culture pure en une culture constituée de cellules hôtes.

Cependant, même cette exigence beaucoup plus faible n'est pas respectée. Les échantillons initiaux sont invariablement mélangés à des cellules de mammifères non hôtes préparées commercialement, notamment des cellules Vero, c'est-à-dire des cellules rénales de singe, ou des cellules cancéreuses de primates.[6] Cela semble être le cas lorsque le SNG est utilisé.[7] [8] On notera que ces cellules "ont été maintenues in vitro (dans des cultures en boîtes de Pétri) pendant de nombreuses années".[9] [10] En d'autres termes, elles se trouvent depuis longtemps dans un mélange artificiel. En particulier, afin de fournir aux cellules les nutriments dont elles ont besoin, il contient du sérum, le plus souvent du sérum bovin fœtal (SBF), ou encore du sérum de veau nouveau-né ou du sérum de cheval[11]. Les cellules ne reçoivent donc pas leurs nutriments habituels, ceux qu'elles recevraient dans leur environnement naturel. En général, des antibiotiques sont également ajoutés dans le sérum "pour inhiber la croissance des bactéries et des champignons."[12] Or, toutes les cellules animales des tissus endommagés sécrètent des exosomes, c'est-à-dire des vésicules extracellulaires, pour aider à guérir des maladies.[13] Les antibiotiques aussi génèrent des exosomes. De nos jours, il est également courant de réduire progressivement les nutriments afin d'obtenir un milieu dénué de sérum pour la culture cellulaire.[14] [15] Si les cellules animales inoculées avec les échantillons du patient, purifiés ou non, présentent finalement un effet cytopathique, c'est-à-dire une mutation ou une dégradation, alors les particules sont dites virales une fois que les examens biologiques ont éliminé les causes bactériennes, même si aucun virus pathologique n'a jamais été observé, c'est-à-dire même si aucune preuve de leur existence n'a été apportée jusqu'à présent.

Puis des enzymes sont ajoutées aux échantillons (mélangés ou non avec la culture cellulaire) pour libérer le matériel génétique. Puis des oligonucléotides d'ADN (sondes PCR) sont à leur tour ajoutés pour amplifier divers segments, qui peuvent même ne pas être complets, et ne sont généralement pas des gènes. Ceux-ci sont ensuite assemblés à l'aide d'une méthode de simulation informatique "pour construire des génomes à partir d'un grand nombre de fragments d'ADN (courts ou longs), sans connaissance a priori de la séquence ou de l'ordre correct de ces fragments."[16] Le résultat final est considéré représenter le génome du virus.

Les segments amplifiés sont comparés à d'anciens génomes obtenus de manière similaire afin d'éliminer ces constructions informatiques artificielles antérieures de supposés virus, ou de trouver des similitudes avec celles-ci. Ces dernières sont ensuite invoquées pour justifier plus amplement qu'un virus a été identifié et qu'il appartient à telle ou telle famille de virus.

Le problème est que même si le mélange avec les cellules non hôtes est purifié, il ne serait toujours pas possible de dire si les particules observées au microscope électronique proviennent des échantillons d'origine ; il n'est pas non plus possible de les différencier des exosomes, étant donné que nous ne disposons d'aucune référence indépendante pour juger ce que nous observons. Selon un article publié en 2020 dans le Journal "Viruses" : "à ce jour, il n'existe pas de méthode fiable qui puisse réellement garantir une séparation complète [une différenciation entre virus et VE]",[17] ce qui est confirmé par de nombreuses autres études.[18] [19] En somme, la cause présumée de la maladie, le virus, est indissociable de l'effet de la maladie, l'exosome.

Jusqu'à présent, des maladies ont apparemment été déclarées virales sur la base de ce type de méthodologie. Aucune preuve que les particules observées ont une origine externe et non interne au corps ou à la culture cellulaire n'a jamais été apportée. On pense que les virus ne vivent pas en dehors des cellules, mais de minuscules matières non vivantes sont observables, par exemple des nanoparticules inorganiques, à l'aide du microscope électronique. Par conséquent, si ces génomes étaient ceux de quelque chose qui a pénétré dans le corps à partir de l'environnement extérieur, il devrait y avoir dans cet environnement de la matière non vivante correspondant à chaque virus pathologique présumé. Une telle matière n'a jamais été identifiée.

Ces expériences remettent évidemment en question l'information génétique obtenue, au-delà du fait que les enzymes ajoutées pourraient affecter les résultats. Qu'observe-t-on et à quoi le compare-t-on, d'autant que la PCR multiplie sélectivement et produit en masse des segments d'ADN ou d'ARN spécifiques, c'est-à-dire qu'elle se concentre sur un seul locus d'ADN ou d'ARN parmi des millions de loci similaires mais différents ? Ces minuscules segments pourraient être n'importe quel débris cellulaire. La PCR ne peut pas nous dire à quoi appartiennent ces segments.

Le génome est donc une simulation informatique élaborée à partir de quelques séquences. Pour expliquer que cette méthode est parfaitement valable, on la compare apparemment à l'identification d'un livre unique à partir de la connaissance de suffisamment de phrases.[20] Cette comparaison est totalement erronée étant donné que les phrases peuvent être observées dans un livre existant, et que le reste des phrases et l'ordre dans lequel elles se trouvent ne sont pas et ne pourraient pas être simulés par ordinateur. Dans le cas d'un virus, le reste des séquences et l'ordre dans lequel elles se trouvent sont simulés par ordinateur, c'est-à-dire qu'ils sont basés sur nos hypothèses sous-jacentes à la simulation, sur ce qu'ils seraient et comment ils s'agencent. Mais étant donné que le virus n'a jamais été observé, nous ne pouvons pas le vérifier en le comparant à ce dont nous disons qu'il est le génome.

Par ailleurs, depuis le début de ce siècle, on observe qu'un génome n'est pas stable, mais "en état de transformation constante". Les "processus génétiques sont dotés de nombreux degrés de liberté. Ils forment un système ouvert où tout n'est absolument pas prédéterminé". En d'autres termes, comme on le pensait auparavant, un génome n'est pas une collection statique de séquences. "On était parti du principe que le matériel génétique de deux personnes ne différait que d'environ un pour mille de tous les éléments constitutifs de l'ADN." Cela s'est avéré faux. Les différences sont en fait énormes, et changent constamment. Chaque cellule est même "un univers génétique en soi". Cela soulève certainement encore plus de questions sur notre déduction d'un virus non observé à partir de son génome, et des comparaisons avec le génome d'autres virus non observés.[21]

Cela dit, rien de tout cela n'implique que les particules virales pathologiques n'existent pas - leur inexistence n'a jamais été corroborée -, mais seulement que la méthodologie couramment utilisée ne permet pas de conclure qu'elles existent.

En résumé : les méthodes habituellement utilisées ne permettent pas de conclure que les particules observées sont nocives et à l'origine de l'infection. En outre, rien ne semble indiquer que les particules observées aient une origine externe. Ainsi, à moins d'études basées sur d'autres méthodes appropriées et démontrant l'origine externe des particules, Sars-Cov-2 et plus généralement les autres particules dites virus pathogènes contagieux restent à ce jour le fruit de notre imaginaire.

    1. L'un des six systèmes de la philosophie indienne, fondé sur les écrits de Gotama (3e siècle avant J.C.).
    2. Ray, T. and U. Ray. 2020. On Science: Concepts, Cultures and Logic. London: Routledge.
    3. https://www.britannica.com/science/pure-culture
    4. Firstenberg, A. 2017. The Invisible Rainbow: A History of Electricity and Life. London: Chelsea Green, chapter 8.
    5. https://ourfreesociety.com/viruses/dismantling-the-virus-theory-dr-stefan-lanka.pdf
    6. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.914952v1
    7. https://www.mdpi.com/2076-393X/8/2/161/pdf
    8. https://www.nature.com/articles/s41598-019-53043-2
    9. https://in-this-together.com/covid-19-evidence-of-global-fraud/
    10. https://apps.who.int/iris/rest/bitstreams/1088173/retrieve
    11. https://www.sigmaaldrich.com/FR/fr/technical-documents/technical-article/cell-culture-and-cell-culture-analysis/mammalian-cell-culture/the-cell-environment
    12. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7173454/
    13. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0753332219311990
    14. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31756045/
    15. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34068378/
    16. https://thesequencingcenter.com/knowledge-base/de-novo-assembly/
    17. https://www.mdpi.com/1999-4915/12/5/571
    18. https://www.pnas.org/content/113/33/9155
    19. https://rupress.org/jcb/article/162/6/960/33690/When-is-a-virus-an-exosome
    20. http://www.integralworld.net/visser197.html
    21. https://telegra.ph/Genetics-Genome-in-Dissolution-11-01